La Universidad Santo Tomás, cumplidora de su misión, principios y objetivos institucionales cuenta con un Sistema de Control Interno desde la Planificación, la ejecución, la verificación y la actuación en el mejoramiento continuo de sus procesos y procedimientos, así como en la toma de decisiones para garantizar la adecuada administración y protección de los recursos. El Sistema de Control Interno se sustenta en un proceso de mejora continua de todos los planes, programas, proyectos y actividades de la Universidad.